北京核工业医院现有北京西城、北京房山及天津三个院区，是一所集医疗、预防保健、职业病防护、核素治疗和核应急为一体的综合性医院。

西城院区位于北京西城三里河，以职业病体检、健康保健、康复医疗为特色，具有北京市卫生局批准的首批健康体检从业资质。开放床位45张，临床、医技科室齐全，设备先进。

房山院区（原中国核工业北京四一医院）是一家二级综合性医疗机构，承担着原子能院核辐射事故医学应急后援任务。院区开设病床280张，开设临床、医技等20多个科室，其中核素治疗中心、口腔科、眼科三个专业是房山区卫生系统专业委员会主任委员单位，核素治疗中心是中华医学会核素治疗示范单位、首都医科大学核医学专业教学基地。

天津院区位于天津市河东区，主要承担核理化院职工健康体检、医疗应急保障和防疫等职能，并对核理化院职工家属及周边居民提供基本门诊医疗服务。

医院秉承“人才强院、文化塑院、特色办院、依法治院”的宗旨，多年来以优质、热情、温馨以及专业的服务为广大患者带来了康复与希望。